Первое издание Индекса (Index Librorum Prohibitorum) вышло в Риме в 1559 году. За его созданием наблюдал лично Папа Римский, но затем Индекс был отдан в ведение инквизиции. Первым известным литературным произведением, уничтоженным церковниками, стала поэма «Талия» ересиарха Ария, преданная огню по решению Никейского собора в 325 году. В 405 году папа Иннокентий I составил первый список еретических писаний, подлежавших уничтожению.
Постепенно под влиянием Ватикана в Испании, Франции и других странах Европы людей, печатавших запрещённые книги, отлучали от церкви, зажали в тюрьму, сжигали. в 1660—1756 гг. в Бастилию было посажено 869 авторов, типографов, издателей и книгопродавцев. На весь католический мир распространилась цензура.
С изданием первого римского индекса в 1559 году цензура всех книг, выходящих в католических странах, была сосредоточена в руках папской инквизиции. Павел IV вообще запретил печатание каких-либо книг в папских владениях без предварительной цензуры инквизиции. Он обязал продавцов книг сообщать инквизиции о всех получаемых ими новинках и запретил торговать ими без особого на то разрешения «святого» судилища. Инквизиторы подвергали периодическим проверкам не только книжные лавки, но и частные библиотеки. Изъятые ими книги торжественно сжигались на публичных аутодафе.

Изуродованный монахами текст Э. Роттердамского. Источник: pinterest.com
В 1571 году папа Пий V, занимавший при Павле IV и Пие IV пост великого инквизитора, создал специальную конгрегацию Индекса, превратившуюся в подлинный департамент цензуры католической церкви. Конгрегация имела и судебные функции, она могла накладывать на авторов церковные наказания вплоть до отлучения от церкви. В конце 16-го века в составлении Индекса участвовал кардинал Роберто Беллармино — один из палачей Джордано Бруно и преследователь Галилея. Правда, это не помешало тому, что после его смерти некоторые его теологические трактаты были признаны крамольными и даже включены в Индекс. С 17-го века конгрегация Индекса находилась под контролем иезуитов.
В 1908 г. папа Пий Х лишил конгрегацию Индекса судебных функций, а 5 марта 1917 г. папа Бенедикт VI декретом («Alloquentes») вновь объединил конгрегацию Индекса с конгрегацией «священного» судилища (инквизицией), где она действовала под вывеской Цензурного департамента. В 1966 г. под влиянием II Ватиканского вселенского собора Ватикан прекратил издание Индекса.
Интересно, что ещё в 19-м веке церковь приняла два вида запрещения: «в целом» (например, все книги против религии и т. п.) и «в частности», то есть отдельные произведения тех или других авторов или все произведения (opera omnia) того или другого писателя. В 20-м веке ватиканская инквизиция стала «отлучать» в основном неугодные ей произведения авторов-католиков, причём наиболее известные из них, имеющие широкое хождение среди верующих. В Индексе нет Дарвина и многих других естествоиспытателей, произведения которых опровергали догматы церкви, потому что запрещение их считалось само собой разумеющимся.